人体微生态的形成在婴儿出生时就开始了，那时婴儿携带来自母亲和周围环境的细菌。在出生后的最初几个月，双歧杆菌往往在菌群中占主导地位，但也会出现许多波动现象。一些研究表明，微生态与婴儿的免疫、代谢和神经系统演化密切相关，它们可能会影响从出生到成年的一辈子的健康。

在成年人中，微生态已完全建立，通常以细菌的丰富多样性为特征。每个人的身体菌群各有特色。成年人的微生态与个人健康的许多方面密切相关，包括维持胃肠道和免疫系统的正常功能。成年人的微生态相对稳定，但对生活方式（例如饮食、压力）或抗生素的使用等都很敏感。

怀孕期间，孕酮水平显著增加，这种激素会降低肠道细菌的多样性，并刺激双歧杆菌及其它类型的细菌开始滋生。来自母亲的细菌有助于在顺产和母乳喂养期间为婴儿营造微生态。

老年人肠道菌群的特点是细菌多样性降低，优势菌种发生变化，有益微生物（例如乳酸杆菌、双歧杆菌）减少。这些变化是一个渐变的过程，与肠道生理变化和饮食模式的改变有关。